Metapopulações são populações segregadas espacialmente, mas interconectadas através do processo de dispersão. De uma forma geral, organismos marinhos bentônicos com desenvolvimento indireto podem se dispersar por longas distâncias, possibilitando a conexão de populações. Apesar da importância reconhecida da migração e do fluxo gênico na determinação dos padrões de distribuição em metapopulações, ainda permanece pouco estudado em animais marinhos. Emerita brasiliensis é um crustáceo comumente registrado em praias ao longo da América do Sul. A ecologia dessa espécie tem sido bem estudada, contudo, pouco se sabe sobre sua diversidade genética, estrutura populacional ao longo das subpopulações e a dinâmica das metapopulações. Este projeto visa determinar à estrutura das metapopulações fonte-sumidouro de E. brasiliensis e a dinâmica do fluxo gênico entre praias do estado do Rio de Janeiro. Para obtenção das amostras de E. brasiliensis serão realizadas amostragens mensais em 5 praias por dois anos. Através do sequenciamento de DNA associado a sítios de restrição, técnica que se baseia no sequenciamento de fragmentos do genoma alvos de enzimas de restrição, será realizada a identificação dos marcadores genéticos e posterior teste de hipóteses dos padrões migratórios. Serão utilizadas amostras de 20 indivíduos (10 machos e 10 fêmeas) de cada praia em duas estações do ano, verão e inverno, onde as densidades populacionais atingem seu pico máximo e mínimo, respectivamente. A aplicação desta metodologia irá fornecer um conjunto de dados robusto que aliado à biologia computacional irá ajudar o entendimento da dinâmica populacional do E. brasiliensis e poderá ajudar na interpretação do estado ecológico de praias arenosas do Rio de Janeiro. Esta caracterização possibilitará também a proposta de um mapa da qualidade ambiental das praias arenosas baseado nas populações de E. brasiliensis.