Diversos fatores virais e do hospedeiro podem influenciar a evolução clínica durante uma infecção, dentre eles a disbiose do microbioma humano. Este evento pode levar a anormalidades das funções metabólicas, fisiológicas e imunológicas no hospedeiro podendo influenciar a patogênese das infecções virais. Estudos mostram que a disbiose da microbiota intestinal pode aumentar o dano hepático associado à infecção pelo vírus das hepatites B e C (HBV e HCV), evoluindo para estágios de fibrose mais avançados que podem levar ao desenvolvimento do carcinoma hepatocelular (CHC). Além disso, já foi relatado que a disbiose fúngica intestinal foi associada a um pior prognostico da doença hepática alcoólica. O microbioma oral tem a capacidade de influenciar a doença hepática através do eixo “oral-intestino-fígado”, através da translocação direta de bactérias e de seus produtos da cavidade oral para a circulação sistêmica chegando ao tecido hepático e nele induzindo um processo infecioso e inflamatório. Estudos tem demonstrado que alterações nos níveis de interleucina 1 (IL-1), IL-6, IL-8, IL-17, fator de necrose tumoral  (TNF-) e interferon  (INF ) estão associados a resposta inflamatória à infecção e a disbiose oral, e foram encontrados alterados em pacientes com diabetes e hepatite autoimune