Os ecossistemas aquáticos são considerados um dos mais ameaçados e estão sob o impacto de diversas atividades humanas, como o lançamento de efluentes domésticos e industriais, despejo de poluentes, exploração excessiva, alterações da bacia de drenagem e introdução de espécies. No entanto, o estudo da meiofauna em ambientes aquáticos não-marinhos é quantitativamente menor do que aquele do ambiente marinho. A meiofauna é composta por grupos de organismos diminutos que possuem grande importância para ecossistemas aquáticos em geral - em especial, o filo Nematoda - atuando como componentes essenciais na composição de teias tróficas, e para estudos referentes aos impactos antrópicos. A partir das última décadas existe uma enorme preocupação em relação às consequências da perda da biodiversidade para as gerações futuras e, portanto, os esforços de inventário de espécies de todos os grupos zoológicos e botânicos vêm se intensificando. No entanto, para uma melhor compreensão do funcionamento do ecossistema é necessário a realização de estudos integrativos, incluindo o levantamento das espécies e do seu papel no ecossistema. Com base nesses estudos é possível não só diagnosticar as causas da perda da biodiversidade como, também, buscar possíveis soluções para minimizar e mitigar o impacto da perda da biodiversidade. Segundo essa linha, o objetivo do presente projeto é analisar a biodiversidade meiofaunística, com foco na nematofauna, de ambientes aquáticos salobros e de água doce do estado do Rio de Janeiro, além de estudar a atuação dos nematódeos como bioindicadores em alterações ambientais. Somado a isso, busca traçar as teias tróficas desses ambientes.